LaBIS

SOBRE O LABORATÓRIO

O objetivo das pesquisas do LaBIS é compreender as interações sistêmicas moleculares e bioquímicas em organismos com interesse econômico, focando desde a fermentação promovida por fungos e bactérias para produção de bioprodutos até a digestão dos insetos que impactam a agricultura. Os projetos procuram integrar diferentes fontes de informação utilizando abordagens clássicas de biologia computacional e bioinformática somadas a metodologias de análises de grande volume de dados voltadas para a Biologia Molecular.

PESQUISADOR RESPONSÁVEL

Marcelo Mendes Brandão

Coordenação

Formado em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (1996), mestrado em Farmacologia pela Universidade Estadual de Campinas (1999) e doutorado em Clínica Médica pela Universidade Estadual de Campinas (2003). Pós doutorado em Biologia Molecular (2005) no Laboratório de Biologia Molecular do Hemocentro da UNICAMP, Pós doutorado em Bioinformática, Biologia Computacional e evolução (2007- 2011) no Laboratório de Biologia Molecular de plantas no Departamento de Genética da ESALQ. Foi pesquisador convidado no Departamento de Ciências da Vida na Universidade de Alberta em Edmonton, AB, Canadá (2012-2013), responsável pelas análises de Biologia Computacional e estatísticas dos transcriptomas de pragas de floresta de interesse econômico estudados pelo projeto BEGAB, ?Budworm Eco-Genomics: Applications & Biotechnology" (http://rclevesque.ibis.ulaval.ca/en/home/research-area/begab-budworm-ecogenomics-applications-and-biotechnology/). Atualmente, é pesquisador do Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG) da UNICAMP sendo responsável pelo Laboratório de Biologia Integrativa e Sistêmica - LaBIS (https://labis.cbmeg.unicamp.br), tendo como principais linhas de pesquisa basedas na Análise, identificação e anotação de genes diferencialmente expressos identificados por técnicas de sequenciamento de nova geração, anotação de transcriptomas de sistemas não modelo, relações evolutivas entre famílias protéicas. As áreas de pesquisa citadas acima tem como organismos de estudo Lepdópteras consideradas praga para a agricultura brasiliera, leveduras e bactérias fermentadoras com interesse na produção de bioprodutos de primeira ou segunda geração. Outra linha de atuação envolve o desenvolvimento de sistemas de inteligência assistida in silico para suporte ao diagnóstico e acompanhamento de doentes acometidos por Leucemina Mielóides e Mal de Alzheimer. Atua também na área de BioTI sendo responsável pela administração dos sistemas de computação de alto desempenho Thunder e Bioinfo, para uso em análise de Bioinformática aplicada à Agricultura e Bioenergia. Tem auxiliado outros grupos de pesquisa na montagem de sistemas de computação para análise de dados biológicos e gerenciamento de grande volume de dados.

LINHAS DE PESQUISA

🧑‍🔬 Novas ferramentas de análise de dados moleculares e biológicos
🧑‍🔬 Biologia de Sistemas Aplicadas a Agricultura
🧑‍🔬 Caracterização sistêmica e integrativa da transcriptômica de Saccharomyces cerevisiae para produção de bioprodutos 

PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO VINCULADO

EQUIPE

Dr. Marcelo Mendes Brandão

Pesquisador

brandaom@unicamp.br
(19) 3521.1118

SERVIÇOS

  • Realização de experimentos para análise da expressão gênica, transiente;
  • Construção de bibliotecas de cDNA e bibliotecas genômicas;
  • Análise de projetos de P&D na área de Engenharia Genética;
  • Isolamento e caracterização de genes; Serviços de computação em nuvem e Computação de alto-desempenho;
  • Análise de projetos de P&D na área de Bioinformática e ômicas;
  • Construção de bibliotecas de RNA

PUBLICAÇÕES

Ciamponi, F.E., Procópio, D.P., Murad, N.F., Franco, T.T., Basso, T.O., Brandão, M.M. Multi-omics network model reveals key genes associated with p-coumaric acid stress response in an industrial yeast strain. (2022) Scientific Reports, 12 (1), art. no. 22466. DOI: 10.1038/s41598-022-26843-2. OPEN ACCESS: All Open Access, Gold, Green

Béliveau, C., Gagné, P., Picq, S., Vernygora, O., Keeling, C.I., Pinkney, K., Doucet, D., Wen, F., Johnston, J.S., Maaroufi, H., Boyle, B., Laroche, J., Dewar, K., Juretic, N., Blackburn, G., Nisole, A., Brunet, B., Brandão, M., Lumley, L., Duan, J., Quan, G., Lucarotti, C.J., Roe, A.D., Sperling, F.A.H., Levesque, R.C., Cusson, M. The Spruce Budworm Genome: Reconstructing the Evolutionary History of Antifreeze Proteins. (2022) Genome Biology and Evolution, 14 (6), art. no. evac087. DOI: 10.1093/gbe/evac087.  OPEN ACCESS: All Open Access, Gold, Green

Murad, N.F., Silva-Brandão, K.L., Brandão, M.M. Mechanisms behind polyphagia in a pest insect: Responses of Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) strains to preferential and alternative larval host plants assessed with gene regulatory networks. (2021) Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms, 1864 (3), art. no. 194687. DOI: 10.1016/j.bbagrm.2021.194687. 

Murad, N.F., Brandão, M.M. Probabilistic Graphical Models Applied to Biological Networks. (2021) Advances in Experimental Medicine and Biology, 1346, pp. 119-130. DOI: 10.1007/978-3-030-80352-0_7. 

de Barros Dantas, L.L., Brandão, M.M. Interactomes: Experimental and In Silico Approaches. (2021) Advances in Experimental Medicine and Biology, 1346, pp. 107-117. DOI: 10.1007/978-3-030-80352-0_6.  

Silva-Brandão, K.L., Murad, N.F., Peruchi, A., Martins, C.H.Z., Omoto, C., Figueira, A., Brandão, M.M., Trigo, J.R. Transcriptome differential co-expression reveals distinct molecular response of fall-armyworm strains to DIMBOA. (2021) Pest Management Science, 77 (1), pp. 518-526. DOI: 10.1002/ps.6051

Brandão, M.M., Dantas, L.L., Silva-Filho, M.C. AtPIN: Arabidopsis thaliana protein interaction network. (2009) BMC Bioinformatics, 10, art. no. 454. DOI: 10.1186/1471-2105-10-454. OPEN ACCESS: All Open Access, Gold, Green

CONTATO

Marcelo Mendes Brandão

Pesquisador

Email: mbrandao@unicamp.br

Endereço:
Av. Cândido Rondon, 400 - Cidade Universitária, Campinas - SP, 13083-875
TOPO