CQMED

SOBRE O LABORATÓRIO

O Laboratório CQMED foi criado em 2015. É especializado noes estudos das fases iniciais de desenvolvimento de novos fármacos e de varredura de compostos. O Centro desenvolveu uma plataforma de descoberta de moléculas inibidoras de alvos específicos relacionados a doenças humanas que são também utilizadas para desenvolver proteínas recombinantes para diagnóstico e biotecnologia.

O CQMED está credenciado como Unidade EMBRAPII Fármacos/Biofármacos e integra o Programa Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia (INCT), apoiado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) e Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp).

PESQUISADORES RESPONSÁVEIS

Dra. Katlin Brauer Massirer

Pesquisadora e Coordenadora Geral

Pesquisadora concursada do CBMEG, UNICAMP desde 2012 e orienta pós-graduandos pelo Programa de Genética e Biologia Molecular do IB, UNICAMP (CAPES 7). Attua conjuntamente na coordenação e condução do Laboratório de Pesquisa Centro de Química Medicinal, o qual é um INCT e a primeira Unidade de Inovação Tecnológica Embrapii na área de Fármacos/Biofármacos desde 2017. O credenciamento como unidade Embrapii proporciona a liderança em vários projetos em parcerias com empresas de Biotecnologia, Laboratórios de Diagnóstico e com a Indústria Farmacêutica Nacional. Em relação a linha de pesquisa, atua na área de proteínas de ligação a RNA em doenças, bioinformática, química medicinal e proteínas recombinantes para diagnóstico. Formação: graduação e mestrado em Farmácia (UFSM, 1996; USP, 2000) e doutorado integral no exterior com dupla ênfase em Genética/Biologia Molecular e Bioinformática (Universidade da Califórnia San Diego, UCSD, 2009). Realizou pós-doutorado colaborativo com Prof Dr Gene Yeo e Prof Dr Alysson Muotri (UCSD, 2009-2011) estudando processos mecanísticos de proteínas de ligação a RNAs relacionados a células tronco e doenças neuronais. Tem 15 anos de experiência em planejamento e execução de projetos de pesquisa e inovação, com publicações internacionais, participação em políticas públicas e divulgação de ciência. Membro suplente da Câmara Interna do Desenvolvimento de Pesquisadores-CIDP, UNICAMP. Tem projetos internacionais com University of Oxford, University of California San Diego, Tubingen University e o Structural Genomics Consortium (SGC) no Canadá.

Prof. Dr. Paulo Arruda

Pesquisador e Coordenador

Formado em Biologia pela Universidade Católica de Campinas, ingressou como professor na Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) em 1976, no Departamento de Genética e Evolução, Instituto de Biologia. Na UNICAMP, iniciou trabalhos de pesquisa em genética fisiológica de plantas e fez mestrado e doutorado em genética. Entre 1982e 1983, realizou pós-doutorado no Biochemistry Department, Rothamsted Experimental Station, Inglaterra. De volta ao Brasil em março de 1983, iniciou um grupo de pesquisa em biologia molecular de plantas, área até então incipiente no Brasil. A partir de 1987, coordenou a implantação do Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG) da UNICAMP para o desenvolvimento de grupos de pesquisa em biologia molecular principalmente na área vegetal. A partir de então realizou uma série de projetos em colaboração com universidades e instituições de pesquisa, envolvendo vários países da América Latina e da Europa. O seu principal tema de pesquisa é a regulação da expressão gênica. Possui 99 trabalhos em revistas científicas internacionais de alto impacto. Colaborou na organização do Programa Genoma FAPESP, estruturando o projeto de seqüenciamento do genoma da bactéria Xyllela fastidiosa. Nesse projeto coordenou um dos laboratórios centrais responsáveis pelo treinamento dos grupos da rede ONSA. Posteriormente, coordenou o Projeto Genoma da Cana de Açúcar (SUCEST), formado por uma rede de 60 grupos de pesquisa de diversas Universidades e Institutos de Pesquisa brasileiros. O laboratório de biologia molecular de plantas do CBMEG, sob sua liderança, já treinou mais de uma centena de estudantes de iniciação científica, mestres, doutores e pós-doutores, muitos dos quais ocupam posições de destaque em instituições de ensino e pesquisa nacionais e internacionais. Alem das atividades de pesquisa e ensino em nível de graduação e pós-graduação, coordena também um grupo de Educação em Ciências com apoio da Fundação VITAE, FAPESP, CAPES e FINEP. Esse trabalho já treinou centenas de estudantes e professores do ensino médio. Por suas atividades acadêmicas foi agraciado com diversos prêmios e honrarias dentre as quais se destacam: Prêmio Mérito Científico e Tecnológico outorgado pelo Governo do Estado de São Paulo, Prêmio ?Zeferino Vaz? de Reconhecimento Acadêmico concedido pela Universidade Estadual de Campinas, Prêmio Medalha REDBIO 2001 concedido pela Rede Latino-Americana de Biotecnologia/FAO. É membro titular da Academia Brasileira de Ciências e Membro da Ordem Nacional do Mérito Científico na classe de Comendador. Na área de editoria científica, é revisor de revistas científicas internacionais, membro do corpo editorial da revista Tropical Plant Biology publicada pela Springer, New York e editor associado da revista The Plant Genome, uma publicação da Crop Science Society of America. Como atividades de política científica, atuou como membro e coordenador do GT do PADCT, membro e coordenador do Comitê Assessor de Genética do CNPq, membro da coordenação do programa Genoma da FAPESP, membro do Comitê Assessor do Fundo Setorial de Biotecnologia do MCT e membro de comitês assessores de vários organismos internacionais como FAO, PNUD e UNU. No âmbito do desenvolvimento tecnológico, foi sócio fundador da empresa Alellyx Applied Genomics, a primeira empresa brasileira de genômica vegetal aplicada.

Prof. Dr. Mario H. Bengtson

Pesquisador e Coordenador

Possui graduação em Farmácia e Bioquímica pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (1997), doutorado em Bioquímica e Biologia Molecular pela Universidade de São Paulo (2002) e pos-doutorados no Genomics Institute of Novartis Foundation (2006) e no The Scripps Research Institute (2012). Atualmente é professor no Instituto de Biologia da UNICAMP, associado ao departamento de Bioquimica e Biologia Tecidual. Tem experiência nas áreas de genômica, Bioquímica, Biologia Molecular e Celular. Atua na área de controle traducional, ubiquitinação e degradação de proteínas e sua relação com neurodegeneração e desenvolvimento.

Dr. Rafael Couñago

Pesquisador e Coordenador

Rafael é coordenador científico do laboratório do Structural Genomics Consortium da UNICAMP (SGC-UNICAMP). O SGC é uma fundação sem fins lucrativos e uma iniciativa público-privada da qual participam agências governamentais de fomento e algumas das maiores indústrias farmacêuticas do mundo. Treinado em bioquímica e cristalografia de proteínas, Rafael obteve seu PhD na Rice University (TX-USA) em 2005 e trabalhou como pós-doutor nos EUA, Nova Zelândia e Austrália antes de ingressar no SGC-UNICAMP em 2015. Os principais interesses científicos de Rafael são: 1) identificar e validar potenciais alvos terapêuticos para doenças humanas; e 2) utilizar ferramentas da química biológica para elucidar a função de proteínas. O SGC-UNICAMP possui um time de pesquisadores multidisciplinar e está totalmente equipado para ir da clonagem de um gene-candidato ao desenho e síntese de pequenas moléculas altamente potentes e específicas contra a proteína-alvo - chamadas de sondas químicas. Empregamos essas sondas químicas para validar possíveis alvos terapêuticos e expandir a fronteira do saber em biologia. Nosso laboratório desenvolve sondas químicas contra quinases humanas ligadas à oncologia e outras condições humanas; e contra potenciais alvos terapêuticos para o tratamento de Doenças Infecciosas Negligenciadas e Emergentes. O SGC-UNICAMP faz parte do OpenMedChem, um INCT financiado pelo CNPq e pela FAPESP, que permite que a comunidade acadêmica brasileira tenha acesso à nossa infra-estrutura laboratorial e ao talento de nossos pesquisadores para desenvolver seus próprios projetos. Desde 2017, o SGC-UNICAMP também é uma unidade da EMBRAPII (Empresa Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial), fornecendo ao setor farmacêutico nacional acesso a ferramentas de ponta e expertise nas áreas de descoberta de medicamentos baseados em estrutura e de química medicinal. Rafael acredita no poder da ciência aberta em acelerar o desenvolvimento de novos medicamentos. Assim, todos os resultados do SGC-UNICAMP são disponibilizados ao público sem demoras e nós não protegemos com barreiras patentárias nenhuma de nossas descobertas.

Prof. Dr. Fabio Papes

Pesquisador e Coordenador

Possui Graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual de Campinas (1996) e Doutorado em Genética e Biologia Molecular pela Universidade Estadual de Campinas (2001). Realizou pós-doutoramento na Harvard University, Cambridge, Massachusetts, EUA. Atuou como Pesquisador Sênior na Alellyx Applied Genomics S.A., Campinas. Atuou como Pesquisador Associado junto ao Scripps Research Institute, San Diego, Califórnia, EUA. Atualmente, é Professor Livre-Docente no Departamento de Genética, Evolução, Microbiologia e Imunologia, Instituto de Biologia da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Tem projetos de pesquisa nas áreas de Bioquímica, Biologia Molecular, Neurobiologia e Evolução Molecular, com ênfase no estudo molecular e evolutivo dos sistemas sensoriais de mamíferos e no estudo de doenças genéticas humanas que afetam o sistema nervoso.

LINHAS DE PESQUISA

🧑‍🔬 Seleção e validação de alvos e moléculas avançadas para terapia de doenças infecciosas e oncologia
🧑‍🔬 Proteínas de ligação RNA consideradas como alvos terapêuticos
🧑‍🔬 Regulação da tradução de proteína em neurologia
🧑‍🔬 Compreensão do sistema neural em nível celular e molecular

PROGRAMAS DE PÓS-GRADUAÇÃO VINCULADOS

EQUIPE

SERVIÇOS

  • Teste de reagentes para experimentos de diagnóstico molecular
  • Produção de proteínas recombinantes em sistemas eucariotos e procariotos:
  • Teste de atividade de proteínas recombinantes
  • Ensaio bioquímico/enzimático para proteínas
  • Síntese química de moléculas orgânicas
  • Varredura de proteína em painel de moléculas
  • Derivação de células-tronco

PUBLICAÇÕES

  • Fanti, R. C., Vasconcelos, S. N. S., Catta-Preta, C. M. C., Sullivan, J. R., Riboldi, G. P., dos Reis, C. v., Ramos, P. Z., Edwards, A. M., Behr, M. A., & Couñago, R. M. (2022). A Target Engagement Assay to Assess Uptake, Potency, and Retention of Antibiotics in Living Bacteria. ACS Infectious Diseases. https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.2c00073
  • Lins, É. M., Oliveira, N. C. M., Reis, O., Ferrasa, A., Herai, R., Muotri, A. R., Massirer, K. B., & Bengtson, M. H. (2022). Genome-wide translation control analysis of developing human neurons. Molecular Brain, 15(1), 55. https://doi.org/10.1186/s13041-022-00940-9
  • Wu, Qin, David Y. Nie, Wail Ba-alawi, YiShuai Ji, ZiWen Zhang, Jennifer Cruickshank, Jillian Haight, et al. 2022. “PRMT Inhibition Induces a Viral Mimicry Response in Triple-Negative Breast Cancer.” Nature Chemical Biology, May. https://doi.org/10.1038/s41589-022-01024-4.
  • Segretti, Natanael D., Jéssica E. Takarada, Marcos A. Ferreira, André da Silva Santiago, Bruno V.M. Teodoro, Mariana C.F.C.B. Damião, Paulo H. Godoi, et al. 2022. “Discovery of Novel Benzothiophene Derivatives as Potent and Narrow Spectrum Inhibitors of DYRK1A and DYRK1B.” Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 68 (July): 128764. https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2022.128764.
  • Papes, Fabio, Antonio P. Camargo, Janaina S. de Souza, Vinicius M. A. Carvalho, Ryan A. Szeto, Erin LaMontagne, José R. Teixeira, et al. 2022. “Transcription Factor 4 Loss-of-Function Is Associated with Deficits in Progenitor Proliferation and Cortical Neuron Content.” Nature Communications 13 (1): 2387. https://doi.org/10.1038/s41467-022-29942-w.
  • Ricardo, Ricardo A., André da Silva Santiago, Martin P. Schwalm, Zexi Hu, Caio v. dos Reis, Jessica E. Takarada, Priscila Mezzomo, et al. 2022. “Development of the First Covalent Monopolar Spindle Kinase 1 (MPS1/TTK) Inhibitor.” Journal of Medicinal Chemistry 65 (4). https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.1c01165.
  • Scott, Fiona, Angela M. Fala, Jessica E. Takarada, Mihaela P. Ficu, Lewis E. Pennicott, Tristan D. Reuillon, Rafael M. Couñago, Katlin B. Massirer, Jonathan M. Elkins, and Simon E. Ward. 2022. “Development of Dihydropyrrolopyridinone-Based PKN2/PRK2 Chemical Tools to Enable Drug Discovery.” Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters 60.  https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2022.128588.
  • Eduful, Benjamin J., Sean N. O’Byrne, Louisa Temme, Christopher R. M. Asquith, Yi Liang, Alfredo Picado, Joseph R. Pilotte, et al. 2021. “Hinge Binder Scaffold Hopping Identifies Potent Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase Kinase 2 (CAMKK2) Inhibitor Chemotypes.” Journal of Medicinal Chemistry 64 (15): 10849–77. https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.0c02274.
  • Ferreira, Tiago R., Rafael M. Couñago, and Nilmar S. Moretti. 2021. “Raising the Bar(-Seq) in Leishmania Genetic Screens.” Trends in Parasitology 37 (5): 367–69. https://doi.org/10.1016/j.pt.2021.03.002.
  • Cabarca, Sindy, Maximilia Frazão de Souza, Andrew Albert de Oliveira, Gabriel S. Vignoli Muniz, M. Teresa Lamy, Caio Vinicius dos Reis, Jessica Takarada, et al. 2021. “Structure of the Mycobacterium Tuberculosis CPknF and Conformational Changes Induced in Forkhead-Associated Regulatory Domains.” Current Research in Structural Biology 3: 165–78. https://doi.org/10.1016/j.crstbi.2021.07.001.

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